Jabatan Bendahari ditubuhkan selari dengan penubuhan UKM iaitu pada 17 Mei 1970. Bermula di kampus sementara Jalan Pantai Baru, Kuala Lumpur dan berpindah ke Bangi, Selangor pada tahun 1978 apabila Universiti Kebangsaan Malaysia berpindah ke kampus tetap.

Jabatan ini memainkan peranan penting dalam pengurusan dana, pentadbiran kewangan, serta penyediaan penyata kewangan bagi menyokong operasi dan pembangunan universiti. Sebagai entiti penting, Jabatan Bendahari UKM berperanan dalam menjalankan fungsi kebendaharian dan perakaunan untuk memastikan kestabilan kewangan universiti.